theernment apurahansaajien jäljittää kehittymistä rutto

Kokoaminen Plague Genomit ympäri maailmaa

Sen jälkeen historialliset kauppareittejä selittää pandemiat

theernment rahoittama tutkijat äskettäin valmistunut tutkimus kehityksestä Yersinia pestis, bakteeri, joka aiheuttaa rutto. He havaitsivat, että Y. pestis kehittynyt Kiinassa ja leviää useiden muuttoliikkeet muualle maailmaan, mikä maakohtaiset suvusta, joka voidaan jäljittää geneettisesti. “Nämä tulokset antavat meille keinot havaita, ymmärtää ja selittää, miksi ja miten vitsaukset esiintyä ja aiheuttaa tällaista korkea sairastuvuus”, sanoi Suman Mukhopadhyay, Ph.D., on theernment n Bakteriologian ja Mykologia Branch.

Tutkimuksen toteutti theernment Genomikartoituksen Centers for Infectious Diseases (GSC), joilla on geneettinen sekvensointi tehty J. Craig Venter Institute (JCVI), ja analyysin Institute for Genome Sciences yliopiston Marylandin School of Medicine. Artikkeli on julkaistu verkossa lokakuussa 2010, lehdessä Nature Genetics.

Viite

Tutkijat analysoivat yksi maailman suurimmista kokoelmista koskaan koottu aiheuttavien bakteerien rutto, joka alkaa sekvensoimalla genomien monipuolinen kokoelma 11 Y. pestis kantoja. He vertasivat genomien näiden 11 isolaattien ja kuusi, jotka oli aiemmin sekvensoitu.

“THE phylogenomic analyysi Näiden 17 genomien tuotti luettelointia satojen muuttujan sivustoja DNA, joita käytettiin myöhemmin tutkia maailmanlaajuinen kokoelma 286 ylimääräistä isolaattien,” selitti Mark EPPINGER, Ph.D., University of Maryland, coauthor tutkimuksesta. Käyttämällä harvinainen polymorfismien että he löysivät tämän taudinaiheuttajan, ne rekonstruoitu yksityiskohtainen aiemmin toteutuneisiin rutto pandemioihin. “Saaminen ylimääräiset genomin sekvenssit oli välttämätöntä kuvaavat kehitystä tuhoisan ihmisen taudinaiheuttaja”, sanoo tohtori EPPINGER.

Tutkijat totesi myös vahva maantieteellinen klusterointi Y. pestis väestön kanssa kunkin populaation eri alue maailmassa. Jäljitys evoluution puu ajassa taaksepäin, he päättelivät, että bakteeria kehittynyt Kiinassa ja levisi muille alueille, koska jälkeläisiä Kiinan kannan havaittiin kaikkialla maailmassa. He pystyivät myös jäljittää useita säteilyn Y. pestis Kiinasta kautta historiallinen kauppareittejä ja yhdistää nämä historialliset pandemioihin. Esimerkiksi tulokset tukevat aikaisempia tietoja, jotka vaivaavat tuotiin Yhdysvaltoihin vuonna 1899 laivalla Hong Kong, joka telakoituna Havaijilla ja saapui San Franciscossa. Tuoreimmat rutto pandemian, vuonna 1894, levisi Intiaan ja sieltä monissa osissa maailmaa, mukaan lukien Yhdysvallat, jonka tartunnan yhden säteilyn sitkeät tänään villi jyrsijöillä.

Tulevaisuudessa tutkijat aikovat tarkastella lähemmin Y. pestis kannat alueita, jotka ovat tällä hetkellä undersampled, kuten Afrikassa tai entisessä Neuvostoliitossa. Tuloksena puitteet rutto bakteeri on hyötyä tulevaisuuden valvontaan liittyvien toimien ja puhkeaminen varautumista. Lisäksi tämä phylogenomic menetelmää voi toimia mallina valvontaa varten muiden tartuntatautien, kuten Salmonella, E. coli, ja influenssa.

G Morelli et al. Yersinia pestis Genomikartoituksen tunnistaa kuvioita globaalin fylogeneettiseen monimuotoisuutta. Nature Genetics. DOI: 10.1038 / ng.705 (2010).